Inferring phylogenies from metagenomic data: A mini course to understand how to reconstruct intraspecific and interspecific phylogenies of microbes from shotgun metagenomic data.

Program:

15:00-15:30 Omar Rota Stabelli: The unknown within: inferring phylogenies from metagenomic data

15:30-16:20 Alessia Tatti. Pipeline: using StrainPhlAn for reconstructing yeast and bacterial phylogenies

from metagenomes at the strain (intraspecific) level

16:20-16:40: coffee break 16:40-17:30 Andrea Silverj: Pipeline: inferring viral phylogenies from metatranscriptomes and metagenomes

17:30:-18:00 Omar Rota Stabelli: Systematic errors when inferring phylogenies from metagenomic data To register, contact omar.rotastabelli@unitn.it

Some of the pipelines and examples taught during the course can be found in:

• Discovering and exploring the hidden diversity of human gut viruses using highly enriched virome samples

• Spatial and temporal dynamics of West Nile virus between Africa and Europe

• The Prevotella copri complex comprises four distinct clades underrepresented in westernized populations

Vi invitiamo a partecipare ad una breve riunione (20-30 minuti) che si terrà martedì 10 settembre alle ore 13.30 durante il lunch break del congresso della SIBE (Società Italiana di Biologia Evoluzionistica).

Da diversi anni ci occupiamo di genetica e genomica della conservazione, e abbiamo pensato di creare un gruppo italiano (affiliato alla SIBE) che includa gli interessati a questa disciplina. L'obiettivo è quello di sviluppare una rete di ricercatori per favorire il dialogo, le collaborazioni, il confronto sui metodi, la didattica. Tutto questo potrà avvenire all'interno di una sezione della pagina Facebook della SIBE, ma pensiamo anche di programmare un incontro informale all'anno in presenza.

Il congresso della SIBE rappresenta una buona occasione per raccogliere le opinioni e le eventuali adesioni, che ovviamente verranno accettate anche da parte di chi non parteciperà al congresso ma sarà comunque interessato all'iniziativa.

I biologi evoluzionisti SIBE si mettono in gioco!

In questa evoluzione del famoso party game Pictionary i partecipanti avranno a disposizione lavagna e pennarello, per cercare di far indovinare ai propri compagni di squadra l’argomento scientifico che hanno sorteggiato…ma solo con i disegni! Non serve essere dei veri artisti…e nemmeno degli scienziati. Basta la voglia di mettersi in gioco e la passione per la biologia evoluzionistica.

Via spettiamo lunedì 9 Settembre nella sala conferenze del Museo Darwin-Dohrn (DaDoM). La serata è aperta a tutti fino ad esaurimento posti.