SIBE, Società Italiana di Biologia Evoluzionistica - ISEB, Italian Society for Evolutionary Biology
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PHYLOSIBE17: CORSO FLASH DI FILOGENESI PER NEOFITI.

La SIBE è lieta di offrire un corso flash riservato a studenti e ricercatori interessati a muovere i primi passi nel fantastico mondo della Filogenesi Molecolare, o a chi vuole rinfrescare la materia.
 
Il corso è gratuito ed è riservato agli iscritti alla SIBE ed al congresso SIBE2017;  si svolgerà la mattina del 28 Agosto e terminerà in tempo per l’ inizio del congresso nel pomeriggio. Gli insegnanti sono Omar Rota-Stabelli (Fondazione Mach, Trento) e Andrea Luchetti (Univeristà di Bologna). Gli interessati sono pregati di spedire una breve lettera di motivazione assieme alla ricevuta di iscrizione al congresso a omar.rota@fmach.it entro il 1 Agosto; i posti sono limitati a 25 è verrà data preferenza cronologica e/o ad una rappresentazione geografica omogenea dei corsisti. Il corso sarà tenuto in inlgese.
 
Il corso è composto da 4 sessioni di un ora ciascuna con una pausa merenda offerta dalla SIBE. Le lezioni (40 minuti) copriranno i principi base della filogenesi molecolare; ogni lezione sarà seguita da un breve tutorial (20 minuti) dove i corsisti analizzeranno un dataset fornito dagli insegnanti. È necessario portare il proprio laptop con istallati 3 programmi: MEGA7 http://www.megasoftware.net/ , il pacchetto BEASTv1.8 http://beast.bio.ed.ac.uk/downloads e TRACER http://beast.bio.ed.ac.uk/tracer.
 
PROGRAMMA:
 
9.00 Appello e controllo dei software PRECENTEMENTE installati dai corsisti. 
 
9:30-10.30 La Genesi: in principio la selezione creò l’ ortologo e il paralogo. Desing di un’ analisi filogenetica, Maracatori filogenetici, il concetto di ortologo, ricerca di sequenze in database o amplificazione da campioni, il tipo di dato, l’ allineamento progressivo e iterativo. Hand-on su allenamento con MEGA
10:30-11.30 La Trinita Filogenetica: Distanza, Parsimonia, Verosimglianza. Anatomia di un albero filogenetico.. Distanze genetiche e Neighbor-Joining. Maximum Parsimony. Modelli di sostituzione e variazione tra i siti (gamma e invariant), Maximum Likelihood.
11.30-12.00 Merenda
12:00- 13:00 La Riforma Bayesiana e lApocalisse Temporale. Inferenza bayesiana, le MCMC, convergence, harvest+burn-in, model selection and bayes factor, stimare la divergenza temporale in una filogenesi, priors e calibrazioni. Hand-on con BEAST e Tracer.
13.00-13.30 Peccati mortali e  confessione finale. Una sintesi finale con un focus sugli errori più comuni del fare filogenesi. Domande e discussione.
 
DOVE E QUANDO
Lunedi 28 agosto ore 9.00,  Aula  da definire, Roma3.